Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. BrainVoyager QX unterstützt mindestens 11 verschiedene Dateiendungen. Die von BrainVoyager QX unterstützten Basisdateien sind .DAT. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in BrainVoyager QX zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von BrainVoyager QX verwendet werden.
Mit BrainVoyager QX können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über BrainVoyager QX öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von BrainVoyager QX unterstützten Dateiformat zu speichern.