Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. BrainBox unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von BrainBox unterstützten Basisdateien sind .BBX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in BrainBox zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von BrainBox verwendet werden.
Mit BrainBox können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über BrainBox öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von BrainBox unterstützten Dateiformat zu speichern.