Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. BrainAvatar unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von BrainAvatar unterstützten Basisdateien sind .BDB2. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in BrainAvatar zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von BrainAvatar verwendet werden.
Mit BrainAvatar können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über BrainAvatar öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von BrainAvatar unterstützten Dateiformat zu speichern.