Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Boxsim unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Boxsim unterstützten Basisdateien sind .BPJ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Boxsim zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Boxsim verwendet werden.
Mit Boxsim können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Boxsim öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Boxsim unterstützten Dateiformat zu speichern.