Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. BizTalk Server unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von BizTalk Server unterstützten Basisdateien sind .ODX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in BizTalk Server zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von BizTalk Server verwendet werden.
Mit BizTalk Server können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über BizTalk Server öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von BizTalk Server unterstützten Dateiformat zu speichern.