Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. BinHex 4.0 unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von BinHex 4.0 unterstützten Basisdateien sind .BNHQ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in BinHex 4.0 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von BinHex 4.0 verwendet werden.
Mit BinHex 4.0 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über BinHex 4.0 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von BinHex 4.0 unterstützten Dateiformat zu speichern.