Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Bib2x unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Bib2x unterstützten Basisdateien sind .BBL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Bib2x zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Bib2x verwendet werden.
Mit Bib2x können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Bib2x öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Bib2x unterstützten Dateiformat zu speichern.