Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. BD3 unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von BD3 unterstützten Basisdateien sind .MC3. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in BD3 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von BD3 verwendet werden.
Mit BD3 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über BD3 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von BD3 unterstützten Dateiformat zu speichern.