Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Balsamiq Mockups unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Balsamiq Mockups unterstützten Basisdateien sind .BMML. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Balsamiq Mockups zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Balsamiq Mockups verwendet werden.
Mit Balsamiq Mockups können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Balsamiq Mockups öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Balsamiq Mockups unterstützten Dateiformat zu speichern.