Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. AxCrypt unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von AxCrypt unterstützten Basisdateien sind .AXX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in AxCrypt zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von AxCrypt verwendet werden.
Mit AxCrypt können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über AxCrypt öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von AxCrypt unterstützten Dateiformat zu speichern.