Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. AutoRoute unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von AutoRoute unterstützten Basisdateien sind .AXE. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in AutoRoute zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von AutoRoute verwendet werden.
Mit AutoRoute können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über AutoRoute öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von AutoRoute unterstützten Dateiformat zu speichern.