Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Automake unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Automake unterstützten Basisdateien sind .AM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Automake zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Automake verwendet werden.
Mit Automake können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Automake öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Automake unterstützten Dateiformat zu speichern.