Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. AutoDesSys unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von AutoDesSys unterstützten Basisdateien sind .FAN. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in AutoDesSys zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von AutoDesSys verwendet werden.
Mit AutoDesSys können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über AutoDesSys öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von AutoDesSys unterstützten Dateiformat zu speichern.