Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. AUCTEX unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von AUCTEX unterstützten Basisdateien sind .FD. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in AUCTEX zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von AUCTEX verwendet werden.
Mit AUCTEX können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über AUCTEX öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von AUCTEX unterstützten Dateiformat zu speichern.