Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. aTunes unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von aTunes unterstützten Basisdateien sind .FLAC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in aTunes zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von aTunes verwendet werden.
Mit aTunes können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über aTunes öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von aTunes unterstützten Dateiformat zu speichern.