Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ATO unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von ATO unterstützten Basisdateien sind .ATO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ATO zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ATO verwendet werden.
Mit ATO können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ATO öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ATO unterstützten Dateiformat zu speichern.