Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Arachne unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Arachne unterstützten Basisdateien sind .EEK. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Arachne zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Arachne verwendet werden.
Mit Arachne können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Arachne öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Arachne unterstützten Dateiformat zu speichern.