Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Aquifer One-site unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Aquifer One-site unterstützten Basisdateien sind .AQF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Aquifer One-site zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Aquifer One-site verwendet werden.
Mit Aquifer One-site können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Aquifer One-site öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Aquifer One-site unterstützten Dateiformat zu speichern.