Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. AquaChem unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von AquaChem unterstützten Basisdateien sind .AQC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in AquaChem zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von AquaChem verwendet werden.
Mit AquaChem können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über AquaChem öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von AquaChem unterstützten Dateiformat zu speichern.