Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. AQUA unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von AQUA unterstützten Basisdateien sind .XLDB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in AQUA zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von AQUA verwendet werden.
Mit AQUA können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über AQUA öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von AQUA unterstützten Dateiformat zu speichern.