Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Application Integrator unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Application Integrator unterstützten Basisdateien sind .SCMT. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Application Integrator zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Application Integrator verwendet werden.
Mit Application Integrator können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Application Integrator öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Application Integrator unterstützten Dateiformat zu speichern.