Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Apple Grapher unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Apple Grapher unterstützten Basisdateien sind .GCX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Apple Grapher zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Apple Grapher verwendet werden.
Mit Apple Grapher können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Apple Grapher öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Apple Grapher unterstützten Dateiformat zu speichern.