Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ApacheConf unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von ApacheConf unterstützten Basisdateien sind .HTGROUP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ApacheConf zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ApacheConf verwendet werden.
Mit ApacheConf können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ApacheConf öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ApacheConf unterstützten Dateiformat zu speichern.