Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Anno 1404 unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Anno 1404 unterstützten Basisdateien sind .SWW. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Anno 1404 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Anno 1404 verwendet werden.
Mit Anno 1404 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Anno 1404 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Anno 1404 unterstützten Dateiformat zu speichern.