Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ANNI unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von ANNI unterstützten Basisdateien sind .NNI. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ANNI zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ANNI verwendet werden.
Mit ANNI können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ANNI öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ANNI unterstützten Dateiformat zu speichern.