Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Anime Studio Pro unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Anime Studio Pro unterstützten Basisdateien sind .ANME. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Anime Studio Pro zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Anime Studio Pro verwendet werden.
Mit Anime Studio Pro können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Anime Studio Pro öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Anime Studio Pro unterstützten Dateiformat zu speichern.