Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Animation-ish unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Animation-ish unterstützten Basisdateien sind .ISH3. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Animation-ish zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Animation-ish verwendet werden.
Mit Animation-ish können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Animation-ish öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Animation-ish unterstützten Dateiformat zu speichern.