Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. aMule unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von aMule unterstützten Basisdateien sind .EMULECOLLECTION. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in aMule zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von aMule verwendet werden.
Mit aMule können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über aMule öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von aMule unterstützten Dateiformat zu speichern.