Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. AmiProject unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von AmiProject unterstützten Basisdateien sind .MPX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in AmiProject zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von AmiProject verwendet werden.
Mit AmiProject können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über AmiProject öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von AmiProject unterstützten Dateiformat zu speichern.