Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. AlpineQuest unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von AlpineQuest unterstützten Basisdateien sind .AQM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in AlpineQuest zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von AlpineQuest verwendet werden.
Mit AlpineQuest können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über AlpineQuest öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von AlpineQuest unterstützten Dateiformat zu speichern.