Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Algodoo unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Algodoo unterstützten Basisdateien sind .PHZ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Algodoo zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Algodoo verwendet werden.
Mit Algodoo können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Algodoo öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Algodoo unterstützten Dateiformat zu speichern.