Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. AgileGraph unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von AgileGraph unterstützten Basisdateien sind .AGD. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in AgileGraph zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von AgileGraph verwendet werden.
Mit AgileGraph können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über AgileGraph öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von AgileGraph unterstützten Dateiformat zu speichern.