Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. AES Crypt unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von AES Crypt unterstützten Basisdateien sind .AES. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in AES Crypt zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von AES Crypt verwendet werden.
Mit AES Crypt können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über AES Crypt öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von AES Crypt unterstützten Dateiformat zu speichern.