Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Aegisub unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Aegisub unterstützten Basisdateien sind .SRT. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Aegisub zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Aegisub verwendet werden.
Mit Aegisub können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Aegisub öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Aegisub unterstützten Dateiformat zu speichern.