Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. aDosBox unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von aDosBox unterstützten Basisdateien sind .DOF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in aDosBox zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von aDosBox verwendet werden.
Mit aDosBox können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über aDosBox öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von aDosBox unterstützten Dateiformat zu speichern.