Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Adobe Muse unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Adobe Muse unterstützten Basisdateien sind .MUSE. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Adobe Muse zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Adobe Muse verwendet werden.
Mit Adobe Muse können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Adobe Muse öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Adobe Muse unterstützten Dateiformat zu speichern.