Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Adobe Encore unterstützt mindestens 5 verschiedene Dateiendungen. Die von Adobe Encore unterstützten Basisdateien sind .CFA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Adobe Encore zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Adobe Encore verwendet werden.
Mit Adobe Encore können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Adobe Encore öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Adobe Encore unterstützten Dateiformat zu speichern.