Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. A4Desk Pro unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von A4Desk Pro unterstützten Basisdateien sind .A4P. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in A4Desk Pro zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von A4Desk Pro verwendet werden.
Mit A4Desk Pro können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über A4Desk Pro öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von A4Desk Pro unterstützten Dateiformat zu speichern.