Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. 4Peaks unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von 4Peaks unterstützten Basisdateien sind .FASTA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in 4Peaks zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von 4Peaks verwendet werden.
Mit 4Peaks können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über 4Peaks öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von 4Peaks unterstützten Dateiformat zu speichern.