Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. 3D-XplorMath-J unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von 3D-XplorMath-J unterstützten Basisdateien sind .3DXMJ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in 3D-XplorMath-J zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von 3D-XplorMath-J verwendet werden.
Mit 3D-XplorMath-J können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über 3D-XplorMath-J öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von 3D-XplorMath-J unterstützten Dateiformat zu speichern.