Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. 3D Slicer unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von 3D Slicer unterstützten Basisdateien sind .MRML. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in 3D Slicer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von 3D Slicer verwendet werden.
Mit 3D Slicer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über 3D Slicer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von 3D Slicer unterstützten Dateiformat zu speichern.