Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. z-Tree unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von z-Tree unterstützten Basisdateien sind .ZTT. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in z-Tree zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von z-Tree verwendet werden.
Mit z-Tree können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über z-Tree öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von z-Tree unterstützten Dateiformat zu speichern.